和世界其他國家一樣，日本公司也有很多類型，可以從注冊方式或組織類型來劃分。不同的劃分方法也帶來了不同的商業(yè)效果。在注冊方式方面，日本公司可分為法人、分支機構(gòu)和代表處。這三種注冊方有特點：
1、日本法人
注冊為日本法人是以公司或個人名義在日本設(shè)立新公司，并以公司為平臺開展相關(guān)業(yè)務(wù)。公司的組織形式也可以注冊為有限公司（有限公司）或有限責(zé)任公司。在日本注冊為法人的優(yōu)勢非常明顯。由于股份制俱樂部是日本商業(yè)社會中最常見的組織形式，它可以獲得更多的社會信任，并以公司的名義在日本開立賬戶。當(dāng)股份制俱樂部發(fā)展到一定階段時，股票也可以在資本市場上市，以獲得更多的資本支持。股份制俱樂部和有限責(zé)任公司在日本法律中被視為法人，因此這類日本公司的法律責(zé)任不會影響海外法人或國內(nèi)投資者（即公司持有人只承擔(dān)有限責(zé)任）。
2、日本分店
在日本開設(shè)分支機構(gòu)（分支機構(gòu)）也是在日本開展業(yè)務(wù)的方式之一。根據(jù)日本現(xiàn)行的法律法規(guī)，日本政府允許海外法人以在日本設(shè)立分支機構(gòu)的形式在日本開展業(yè)務(wù)。日本分支機構(gòu)也可以開立日本銀行賬戶，并在合法范圍內(nèi)開展商業(yè)活動。
然而，在法律關(guān)系方面，日本分支機構(gòu)是海外法人組織的一部分。因此，在向日本政府申報稅務(wù)活動時，將以海外法人的總資本為基礎(chǔ)，帶來較高的稅收支出。同時，如果海外法人在日本注冊的分支機構(gòu)涉及法律事務(wù)，也將影響海外法人實體。
3、日本辦事處
和中國大陸一樣，日本政府也承認(rèn)辦公室的特殊商業(yè)行為（但設(shè)立辦公室不需要向日本政府注冊），原則上不允許實際商業(yè)活動，但允許信息收集、廣告、材料采購、市場研究等非經(jīng)營性工作。
由于辦公室不允許實際操作，它不能在日本銀行開立賬戶，但其代表可以開立私人賬戶。相比之下，日本辦公室的商業(yè)聲譽也是最低的。
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